第一冊，〈編者序〉，〈編例〉，〈東西哲衡〉，〈哲衡序編〉
第二冊，〈主津新集〉
第三冊，〈民教冤獄解〉，〈民教冤獄解續編補遺〉，〈宗教五德備考〉，〈聖經闡要講義〉
第四冊，〈東遊六十四日隨筆〉，〈天演論書後〉

附錄，（一）黃俊傑，〈李春生對天演論的批判及其思想史的定位─以《天演論書後》為中心〉，（二） 古偉瀛，〈從棄地移民到日籍華人：試論李春生的日本經驗〉，（三）黃俊傑、古偉瀛，〈新恩與舊義之間：李春生的國家認同之分析〉附冊，〈編者總序〉，〈李公小傳〉，〈傳記資料〉，〈相關大事年表〉

散佚未包括的著作：《主津後集》、《民教冤獄解續篇》及《耶蘇教聖讖闡釋備考》